Na początku 1891 roku w Chile wybuchła wojna domowa, w której rebelianci sprzeciwiali się prezydenturze Josego Balmacedy’ego. Oficjalnie Stany Zjednoczone zachowywały neutralność, sprzedając broń obu stronom walczącym, jednak gdy przeciwnicy Balmacedy przypłynęli do San Diego, by nabyć broń, sekretarz marynarki Benjamin Tracy nakazał zatrzymać okręt i skonfiskować zakupioną broń. Wkrótce potem Departament Stanu odmówił mediacji pomiędzy stronami, co pogorszyło stosunki z opozycją chilijską, a prezydent Balmaceda został obalony latem 1889 roku. USA nie chciały uznać nowych władz, a stosunki pomiędzy oboma państwami jeszcze bardziej pogorszył incydent w Valparaíso, gdzie zginęło dwóch amerykańskich marynarzy. Ponieważ rząd Chile odmówił przeprowadzenia szczegółowego śledztwa, Harrison zagroził zerwaniem stosunków dyplomatycznych. Prezydent był zwolennikiem interwencji zbrojnej, a w opinii publicznej także panowały nastroje prowojenne. Na początku 1892 USA ponowiło żądanie od Chile przeprosin i wycofania oskarżeń. Ostatecznie rząd chilijski wystosował oficjalne przeprosiny i wypłacił 75 tysięcy dolarów odszkodowania.