Bakteria bytuje w warunkach niewielkiej dostępności tlenu na powierzchni błony śluzowej żołądka i dwunastnicy, rzadziej na błonie wyścielającej przełyk, wykazując dużą ruchliwość w śluzie pokrywającym błony. Ruchliwość ta wynika z faktu posiadania przez bakterię kilku, zazwyczaj do sześciu, pojedynczych witek. Nie ma jednomyślności w sprawie prawidłowej kwalifikacji bakterii pod względem wymagań tlenowych – jest ona zaliczana do mikroaerofilów albo do beztlenowców. Te rozbieżności prowadzą do różnic w warunkach hodowlanych stosowanych przez laboratoria mikrobiologiczne w celu zapewnienia bakteriom optymalnego środowiska do wzrostu. Badania dowiodły, że duże kolonie są w stanie wzrastać w szerokim zakresie stężeń tlenu. Helicobacter pylori wytwarza hydrogenazę, dzięki której może pozyskiwać energię z utlenienia cząsteczkowego wodoru (H2) wytwarzanego przez inne bakterie jelitowe. Może wytwarzać biofilmy, a także przechodzić z formy spiralnej do postaci ziarenkowca, co prawdopodobnie ułatwia jej przeżycie i rozprzestrzenianie się. Forma ziarenkowca nie została wyhodowana, ale odkryto ją w sieci wodociągowej w Stanach Zjednoczonych. Odkryto również, że ta forma może przylegać do komórek nabłonkowych żołądka in vitro.