W latach 1883–1913 krakowską germanistyką kierował Wilhelm Creizenach (1851-1919), po czym jego obowiązki przejął Spiridion Wukadinovič (1870-1938), który kierował katedrą do 1932 r. Był on także ostatnim dyrektorem jednostki powołanym jeszcze przez władze austriackie. Pierwszym Polakiem na tym stanowisku został dopiero Adam Marian Kleczkowski (1883-1949). II wojna światowa, a następnie śmierć Kleczkowskiego przyniosły dla germanistyki krakowskiej stopniowe ograniczanie działalności, aż do całkowitego jej zawieszenia od roku akademickiego 1951/52. Opiekę nad katedrą nieprowadzącą działalności dydaktycznej objął wtedy Jerzy Kuryłowicz (1895-1978), zaś jedynym pracownikiem naukowym pozostawała przez kolejne lata Olga Dobijanka-Witczakowa (1921-2006).
Do wznowienia działalności jednostki pod nazwą Katedra Filologii Niemieckiej UJ doszło w roku 1966. W 1973 katedrę przekształcono w Instytut Filologii Germańskiej. Na kierownika, a później dyrektora powołano przybyłego z Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu Aleksandra Szulca (1924-2012), który swą funkcję sprawował do roku 1993. W kolejnych kadencjach jego następcami byli Maria Kłańska, Krzysztof Lipiński, Antoni Dębski, Sławomira Kaleta-Wojtasik oraz Por. m.in.