Część wnętrza kościoła została zmodyfikowana po Soborze Watykańskim II, główny ołtarz został przeniesiony, a część ołtarzy bocznych zastąpiono konfesjonałami.
Odnawianie malowideł W roku 2008 wykonano prace przy odnawianiu malowideł sufitu kościoła, będących dziełem Emvina Cremony. W roku 2009 przystąpiono do odnawiania dzieł tego artysty wewnątrz kopuły, oraz prac na jej zewnętrznej części. Ukończono je latem 2012. Do roku 2015 przeprowadzono renowację pozostałych malowideł wnętrza świątyni, przy bardzo dużym udziale wolontariuszy.
Obrazy pozostałych artystów odnowiono w latach 2014–2016. Wykonawcą tej pracy była firma „Prevarti – Art Restoration & Conservation”. Koszt prac wyniósł około 65 000 euro.
Architektura thumb|left|Kopuła świątyni
Kościół parafialny św. Kajetana zbudowany jest na planie krzyża łacińskiego, z dwoma nawami bocznymi oraz krótkim prezbiterium. Dwie dzwonnice są najwyższe na Malcie, i razem z kopułą dominują w panoramie miasta. Kościół zaprojektowany został w kombinacji różnych stylów, eksponując wpływy z wielu źródeł średniowiecznych i klasycznych. W szczególności czerpie z gotyku francuskiego, zwłaszcza z katedry w Laon, oraz z weneckiej barokowej bazyliki Santa Maria della Salute.