W 1944 roku część zbiorów została wywieziona do Marburga. Biblioteka podczas wojny nie poniosła większych strat, tytuły wywiezione do Marburga odzyskano w 1947 roku. W tym samym roku Książnica uzyskała status biblioteki publicznej miasta Torunia, a w listopadzie również biblioteki wojewódzkiej województwa pomorskiego. Status biblioteki wojewódzkiej utraciła w 1950 roku na skutek reformy administracyjnej, na mocy której utworzono województwo bydgoskie. W 1973 roku biblioteka przeniosła się do nowego budynku przy ul. Słowackiego 8. Po utworzeniu w 1975 roku województwa toruńskiego Książnica ponownie uzyskała status biblioteki wojewódzkiej. Od 1 stycznia 1999 roku pełni funkcję biblioteki wojewódzkiej województwa kujawsko-pomorskiego. 26 kwietnia 2002 roku biblioteka przyjęła obecną nazwę. Liczy jedenaście filii. Biblioteka Uniwersytecka – biblioteka działająca przy Uniwersytecie Mikołaja Kopernika w Toruniu, założona 1 września 1945 roku. Jej pierwszym dyrektorem był dr Stefan Burhardt. Początkowo działała wraz z Książnicą Kopernikańską przy ulicy Wysokiej 16, 10 maja 1947 roku przeniosła się do nowego budynku przy ul. Chopina 12. Do 1965 roku zgromadziła milion różnego typu materiałów. W latach 60. część zbiorów przekazano do bibliotek zakładowych.