W środkowym plejstocenie rzeka osiągnęła wysokość dzisiejszego wejścia do jaskini i w ten sposób uwolniła jej wnękę. Għar Dalam reprezentuje tylko północno-wschodnią część tej niegdyś podziemnej jamy. Na drugim końcu doliny Wied Dalam znajduje się inna, nieco mniejsza wnęka zwana "Drugą Jaskinią", która obejmuje południowo-zachodnią część tego dawnego koryta. W późnym, środkowym plejstocenie i podczas wczesnego plejstocenu rzeka wypełniła jaskinię osadami o grubości przekraczającej 5 metrów. Dziś dolina rzeki jest znacznie niższa niż wejście do jaskiniGeorge Zammit Maempel: Għar Dalam. Cave and deposits. Malta, 1989.
Historia thumb|Muzeum Għar Dalam W 1885 jaskinia została po raz pierwszy zbadana naukowo. W 1925 został umieszczona na liście zabytków, lista nie była udostępniana publicznie aż do 1933. Jaskinia była używana jako schron przeciwlotniczy podczas II wojny światowej. Muzeum zostało założone przez ówczesnego Kuratora Historii Naturalnej, Josepha Baldacchino. W 1987 jaskinia Għar Dalam została zbadana pod kierunkiem Emmanuela Anati, profesora paleontologii na Uniwersytecie w Salento.