Genom Eugleny gracilis składa się z trzech segmentów: genom jądrowy zawiera 95% DNA, pozostała część znajduje się w chloroplastach i mitochondriach. Ze względu na jego złożony charakter jest on obiektem badań. Wstępne szacunki wskazują na jego bardzo duży rozmiar, nawet do 2 Gbp, występowanie wielu powtarzalnych sekwencji i złożoną i pofragmentowaną strukturę.
Introny Charakterystyczne dla Euglenid jest występowanie trzech typów intronów w genach: konwencjonalnych, niekonwencjonalnych i pośrednich. Różnica polega na specyfice granicznych sekwencji zasad azotowych: w wypadku konwencjonalnych jest to GT/C-AG, w wypadku niekonwencjonalnych może być wiele nietypowych sekwencji, pośrednie introny łączą cechy tych grup. W przypadku Eugleny gracilis występują wszystkie trzy typy intronów, czego przykładem jest gen tubA, kodujący tubulinę α. Budowa intronów jest wykorzystywana w ustalaniu filogenezy Euglenid.