Czasy III ligi (1999-2015) Po upadku Dunărea walczyła o powrót, ale bez większego sukcesu, po najciemniejszym okresie w historii klubu, mając 17 lat w Lidze III bez sezonu w Lidze II, a także z pewnymi problemami finansowymi w okolicach 2005 roku.
W latach 1998–2005, z powodu złej sytuacji finansowej, Dunărea zaczęła bytować w środku tabeli trzeciej ligi: 1998/1999, miejsce 13; 1999/2000, miejsce 7, 2000/2001, miejsce 8, 2001/2002 – 6, 2002/2003 – 7 i 2003/2004 – 8. W 2005 roku nastąpiła restrukturyzacja klubu z prawnego, a nawet finansowego punktu widzenia, a wyniki zaczęły się pojawiać: 2004/2005. miejsce 3 i 2005/2006 – 2. Ale po tym krótkim okresie, w którym klub pokazał, że może walczyć o awans, nastąpił nowy okres kontrastujących rezultatów: 2006/2007 – 8, 2007/2008 – 13, 2008/2009 – 6, 2009/2010 – 8, 2010/2011 – 4 i 2011/2012 – 12. W tym okresie Dunărea nie wydawała się mieć poważnego celu, z wyjątkiem pobytu w górnej części ligi Liga III, a nawet zatrudnienie Iona Moldovana, doświadczonego trenera w 2007 roku nie rozwiązało zbyt wiele.