Objął stanowisko docenta w Uniwersytecie Jagiellońskim. W latach 1972–1980 był dyrektorem Instytutu Religioznawstwa Uniwersytetu Jagiellońskiego. W 1990 został profesorem nadzwyczajnym w Instytucie Filozofii Wydziału Filozoficznego Uniwersytetu Jagiellońskiego. W latach 1984–1999 kierował Zakładem Etyki IF UJ.
Był działaczem Polskiej Zjednoczonej Partii Robotniczej w Uniwersytecie Jagiellońskim.
W 2006 Rektorska Komisja ds. Inwigilacji Uniwersytetu Jagiellońskiego przez Służbę Bezpieczeństwa PRL stwierdziła, że dr hab. Jan Pawlica był Tajnym Współpracownikiem Służby Bezpieczeństwa zarejestrowany jako TW „Filozof”.
Publikacje Podstawowe pojęcia etyki (1972, 1978, 1994) Suffering as human experience: proceedings from VI Jagiellonian Symposium on Ethics, Cracow, 6–8 June 1994 (red. nauk., 1994) Etyka. Cz. 1 (1980) Methodological problems of research on the science of religion (współautorzy: Jan Jerschina, Halina Moszczyńska, 1978) Marksistowska etyka i socjalistyczna moralność (1976) Typy postaw moralnych w Polsce Ludowej (1973) O konfliktach i postawach moralnych (1973) Konflikty moralne: problematyka teoretyczna i praktyczna (1972) Etyka. Cz. 2, Wybór tekstów (red.