Jedynie dwa elementy wydają się nawiązywać do kanonicznego przedstawienia wydarzeń z La Verny, mianowicie delikatne zarysowanie stygmatów na dłoniach oraz ekstatyczna poza. Nie należy słowa deserto we włoskim tytule dzieła tłumaczyć jako pustynia, ale raczej jako odosobnienie lub dobrze znaną, np. z nazwy weneckiego franciszkańskiego eremu – Święty Franciszek na Puszczy – puszczę, miejsce opustoszałe. Bellini przedstawił św. Franciszka w pobliżu skalnego eremu. Za świętym spostrzegamy wejście do groty, liche zadaszenie z gałęzi oraz pulpit z zamkniętą księgą i ludzką czaszką. Sandały, które leżą obok pulpitu, sugerować mogą skojarzenie z biblijną sceną z Księgi Wyjścia, w której Mojżesz poproszony został o ich zdjęcie, by nie skalać ziemi spotkania z objawiającym się BogiemPor. Wj 3,5.. Chociaż natura zdaje się ignorować objawienie się Boga, o faktycznym jego zaistnieniu świadczy blask bijący z lewej strony, który powoduje wyraźny cień padający za postacią Franciszka. Trzy czwarte tła wypełniają jasne barwy skał. Malarz z wielką pieczołowitością przedstawił rośliny, zwierzęta i widoczne w oddali zabudowania.