W październiku 1920 zreorganizowano brygady etapowe 4 Armii. Batalion wszedł w podporządkowanie dowódcy IVb Brygady Etapowej. W lutym 1921 bataliony etapowe przejęły ochronę granicy polsko-rosyjskiej. Początkowo pełniły ją na linii kordonowej, a w maju zostały przesunięte bezpośrednio na linię graniczną z zadaniem zamknięcia wszystkich dróg, przejść i mostów.
W 1921 bataliony etapowe ochraniające granicę przekształcono w bataliony celne.
Służba etapowa 7 stycznia 1921 dowództwo batalionu przedyslokowane zostało do Nowogródka. 1 i 2 kompanię ulokowało w Nowogródku, 3 ke w Nowojelni, a 4 ke w Walówce. Zadaniem batalionu było ochraniać linię kolejową Baranowicze – Sielec. W tym też dniu czasowo przydzielona do batalionu kompania I Kieleckiego be odeszła do Baranowicz. Tam zluzowała posterunki IV kieleckiego be na linii kolejowej Baranowicze – Stołpce.
W lutym 1921 2 kompania etapowa ochraniała linię kolejową Baranowicze – Stołpce do Kołosowa. Dowództwo tej kompanii miało być przeniesione do Stołpców.