Na początku grudnia 2007 roku zakończyła się gruntowna renowacja wewnętrznego pałacu, co w kwietniu 2008 roku zostało uhonorowane publiczną ceremonią.
Trzęsienie ziemi (2016) thumb|240px|Jedna z wież zniszczona podczas trzęsień ziemi (2016) thumb|240px|Shachihoko, replika oryginalnego ornamentu thumb|240px|Zamek Kumamoto W efekcie trzęsień ziemi, które miały miejsce 14 (magnituda: 6,5) i 16 (7,3) kwietnia 2016 roku zamek został poważnie uszkodzony. Dwie wieże (yagura) zawaliły się całkowicie, a kamienne ściany u podnóża zamku – częściowo. Kilka zamkowych ornamentów (np. shachihoko, mityczny karp z głową lwa i ciałem rybyTakże tłumaczony jako ryba z głową tygrysa lub złoty delfin. Wierzono, że potrafi powodować deszcz w przypadku pożaru zamku czy świątyni.) spadło z dachu wieży i rozpadło się. Sam donżon wytrzymał większość trzęsień, odnosząc jedynie nieznaczne uszkodzenia strukturalne.
Czas przeznaczony na pełną i kompleksową odbudowę kompleksu oszacowano na kilkadziesiąt lat. Według szefa lokalnego przedsiębiorstwa budowlanego, które na przestrzeni lat pracowało nad odnowieniem zabudowań zamkowych, trzęsienie ziemi z 2016 roku zniweczyło blisko 60 lat prac renowacyjnych.