Fort został wybudowany według projektu prof. Wieliczki, a jego budowa trwała dziesięć lat i kosztowała 850 tys. rubli. Wszystkie pomieszczenia w forcie zbudowane były z betonu, strop budynku miał grubość od półtora do dwóch metrów, a poszczególne części składowe obiektu połączono podziemnymi przejściami. Do fortu doprowadzono elektryczność, a w części pomieszczeń znajdowała się wentylacja.
Podczas I wojny światowej twierdza kowieńska nie spełniła stawianych przed nią zadań – w 1915 r. została zdobyta przez nacierające wojska niemieckie po jedenastodniowym oblężeniu. Fort IX nie poniósł praktycznie żadnych uszkodzeń.
W okresie międzywojennym, od 1924 r., w forcie mieściło się więzienie, filia miejskiego więzienia w Kownie. Na otaczających budynek polach znajdowały się użytki rolne i sady uprawiane przez osadzonych.