Umocnienia okresu okupacji niemieckiej thumb|Stanowisko ogniowe B1 baterii Schleswig-Holstein, 406 mm Po zajęciu Mierzei Helskiej przez wojska hitlerowskich Niemiec okupant postanowił wykorzystać i rozbudować umocnienia do obrony rejonu bazy morskiej budowanej w Gdyni. Zbudowano największe stałe stanowiska artylerii nadbrzeżnej – baterię Schleswig-Holstein z trzema działami kalibru 406,4 mm (16”).
U brzegów mierzei, po jego wewnętrznej stronie, na wodach Zatoki Puckiej posadowiono budowle systemu służącego do badań broni torpedowej (tzw. torpedownie), prowadzonych w Gdyni Babich-Dołach – jedną na wysokości mola w Juracie, drugą na południowy wschód na wysokości Boru.
W czasie okupacji hitlerowskiej wojska niemieckie umieściły na terenie mierzei także stacje radarowe, m.in. typu Würzburg-Riese. Na pozostałej po wojnie podstawie jednej z nich zbudowano zapasowe stanowisko kierowania ogniem 13 Baterii Artylerii Stałej. Do systemu obrony przeciwlotniczej należały również co najmniej trzy stacjonarne baterie przeciwlotnicze Kriegsmarine, każda wyposażona w 4 armaty 105 mm SK C/32, mogące prowadzić ogień także do celów morskich.