W 1987 roku klub Preston Makedonia zajął 2. miejsce w lidze i wywalczył tytuł wicemistrza kraju (seria finałowa nie była rozgrywana). W 1989 roku klub po raz drugi w historii swoich występów w NSL awansował do serii finałowej rozgrywek. Sezon zasadniczy klub ukończył na 5. miejscu, natomiast w serii finałowej zakończył swój udział na fazie eliminacji, w której uległ drużynie Melbourne Croatia w stosunku 0:2. W ostatnich czterech sezonach gry w NSL (1989/1990 – 1992/1993) klub zajmował miejsce w sezonie zasadniczym, które nie dawały awansu do serii finałowej rozgrywek. Natomiast w rozgrywkach NSL Cup w sezonie 1990/1991 Preston Makedonia dotarł do finału rozgrywek. W finale uległ drużynie Parramatta Eagles w stosunku 0:1. Sezon 1992/1993 był ostatnim, w którym Preston Makedonia uczestniczył w rozgrywkach NSL. Preston Makedonia zakończył sezon na ostatnim 14. miejscu i spadł do rozgrywek Victorian Premier League. Ostatni mecz w NSL klub rozegrał w dniu 7 kwietnia 1993 roku przeciwko Sydney Olympic. Spotkanie zakończyło się zwycięstwem Preston Makedonia w stosunku 1:0. Jednocześnie w tym okresie klub zmagał się z problemami finansowymi oraz logistycznymi.