Po zakończeniu wojny powrócił do pracy w Ministerstwie Rolnictwa. Od 1 kwietnia 1945 r. do 30 września 1947 r. pełnił funkcję początkowo inspektora badań naukowych i doświadczalnych, następnie dyrektora Departamentu Produkcji Rolnej, a w końcu zastępcy dyrektora tegoż Departamentu. Od 1 lipca 1947 r. pracował w Katedrze Ogólnej Hodowli Zwierząt przy Wydziale Rolnym Szkoły Głównej Gospodarstwa Wiejskiego. W 1948 r. zakończył przewód doktorski i otrzymał tytuł doktora nauk rolniczych na podstawie rozprawy „Zmiana typu trzody chlewnej pod wpływem czynników gospodarczych w okresie od początku XIX wieku do połowy XX wieku”. 5 stycznia 1950 r. został zatrzymany i aresztowany przez funkcjonariuszy Bezpieczeństwa Publicznego. W maju 1950 r. został oskarżony, a 30 listopada tego roku – osądzony. Wojskowy Sąd Rejonowy w Warszawie orzekł, że Edward Baird jako urzędnik Ministerstwa Rolnictwa i Reform Rolnych działał na szkodę Państwa Polskiego, gdyż agentowi obcego mocarstwa ujawnił tajemnicę państwową (o ogólnym stanie gospodarki rolnej w Polsce, stanie zasiewów i odłogów, stanie pogłowia, stopniu zagospodarowania zniszczeń wojennych w rolnictwie, stanie inwentarza). Karą było 15 lat więzienia i utrata praw publicznych i obywatelskich praw honorowych na 5 lat. Syn Tadeusz nie ustawał w zabiegach o jego uniewinnienie i uwolnienie.