Po przejęciu władzy przez komunistów w listopadzie 1944 rozpoczął pracę w urzędzie miejskim w Szkodrze, a następnie objął stanowisko dyrektora szkoły kształcącej nauczycieli w Elbasanie. W wyborach, które odbyły się w grudniu 1945 uzyskał mandat deputowanego do parlamentu z okręgu Dukagjini. W parlamencie zdominowanym przez komunistów związał się z grupą opozycyjną, kierowaną przez Rizę Daniego, która domagała się pluralizmu politycznego i zagwarantowania wolnych wyborów. 22 lutego 1946 wystąpił na forum parlamentu w obronie franciszkańskiego duchownego Gjona Shllaku przekonując deputowanych, że jest on niewinny.
Po upadku powstania postrybskiego, 14 września 1946 Kolë Prela został pozbawiony immunitetu, aresztowany i oskarżony o współpracę z Rizą Danim i z klerem katolickim, a także o próbę utworzenia nielegalnej partii chrześcijańsko-demokratycznej. Skazany na karę śmierci 14 stycznia 1948 przez sąd wojskowy i rozstrzelany w Szkodrze, a następnie pochowany w nieznanym miejscu.
Był żonaty (żona Katrina), miał dwóch synów.