Po uzyskaniu niepodległości przez Mołdawię i organizowaniu własnych mistrzostw klub z nazwą Vierul Edineț startował w 1992 w rozgrywkach Pucharu Mołdawii. Potem zmienił nazwę na Gloria-Cuarț Edineț. W sezonie 1995/96 zajął 10.miejsce w Divizia A. W następnym sezonie po rundzie jesiennej wycofał się z rozgrywek, a jego wyniki zostały anulowane. Potem występował w Divizia B "Nord". W sezonie 1999/2000 uplasował się na 10.pozycji w Serii Nord Divizia B, ale już w następnym sezonie po zmianie nazwy na Fortuna Edineț startował w Divizia A, gdzie był szóstym. Sezon 2001/02 znów zakończył na 6.lokacie. Ale latem 2002 po nawiązaniu współpracy z Nistru Otaci występował jako druga drużyna klubu z Otaci (Nistru-2), klub w Jedyńcach przestał istnieć.
28 lipca 2011 klub został odrodzony jako FC Edineț. W sezonie 2011/12 zajął drugie miejsce w Serii Nord Divizia B i awansował do Divizia A. W sezonie 2012/13 zajął 12.miejsce w lidze, w następnym sezonie był ósmym w końcowej klasyfikacji. W sezonie 2014/15 ponownie zajął 8.miejsce. W sezonie 2015/16 opuścił się na 10.miejsce, a w 2016/17 wrócił na 8.miejsce.