W 1991 roku uzyskała stopień doktora habilitowanego nauk przyrodniczych – praca habilitacyjna pt „Przebieg mejozy w Triticale (2n=42) w zależności od rodzaju tworzonych jąderek i zawartości heterochromatyny telemetrycznej w chromosomach żyta”. Praca doktorska i habilitacyjna zostały nagrodzone nagrodą Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego III stopnia. Głównym problemem badawczym były szeroko rozumiane krzyżowania międzygatunkowe roślin zbożowych. W tym względzie do znaczących osiągnięć należy opracowanie nowoczesnych metod analizy cytologiczno–genetycznej mieszańców, zwłaszcza opracowanie metody prążkowego barwienia chromosomów w mieszańcach pszenno–żytnich. W latach 1992–94 przeprowadziła również pierwsze próby indukowania haploidów pszenżyta na drodze krzyżowania z kukurydzą i następnie hodowli zarodków na pożywkach. W 1993 roku otrzymała tytuł naukowy Profesora Nauk Rolniczych w zakresie genetyki i hodowli roślin. Od 1996 roku prof. dr hab. Stanisława Rogalska podjęła pracę na Uniwersytecie Szczecińskim w Zakładzie Cytogenetyki Katedry Genetyki a następnie utworzyła Katedrę Biologii Komórki, której była kierownikiem. Dzięki jej zaangażowaniu Wydział Biologii Uniwersytetu Szczecińskiego otrzymał prawa do nadawania stopnia doktora nauk biologicznych w dyscyplinie biologia w 1998 roku.