Od roku 2000 jego stałym remix-partnerem jest Joshua Eustis (Telefon Tel Aviv). Współpraca zaowocowała m.in. remiksem utworu Nine Inch Nails Where Is Everybody? (obecnym na albumie NIN Things Falling Apart z 2000), utworów A Perfect Circle Judith, 3 Libras, Pet oraz Weak & Powerless, utworu Eminema The Way I Am i in.
W 2007 roku ukazała się płyta jednego ze wspólnych projektów, Black Light Burns, w skład którego oprócz Lohnera i Eustisa wchodzą też Wes Borland (Limp Bizkit), również blisko współpracujący z Lohnerem od 2003 roku (m.in. przy projekcie The Damning Well) oraz Josh Freese (A Perfect Circle, The Vandals).
Zespoły Angkor Wat Skrew (do 1994) Nine Inch Nails (1994-2001) Tapeworm (od poł. lat 90. przez ok. dekadę, obecnie projekt tymczasowo zawieszony) Puscifer (od 2003) The Damning Well (od 2003) Black Light Burns (od 2003)
Współpraca A Perfect Circle – produkcja + inżynieria dźwięku + dodatkowe wsparcie instrumentalno-wokalne + stała współpraca studyjna (na wszystkich albumach);