Klasyfikacja lewo|mały|ilustracje szczęk różnych Gnathifera (w tym form wymarłych). Przykładowy wygląd szczęk współczesnych strzałek morskich to ilustracja pierwsza od lewej; rysunek szczęk wymarłej Amiskwia (też przedstawicielka szczecioszczękich) drugi od lewej Pozycja systematyczna Chaetognatha była od dawna przedmiotem licznych dyskusji. Niektórzy autorzy skłaniają się do stwierdzenia, że jest to enigmatyczna grupa zwierząt, która grupuje zwierzęta wykazujące morfologiczne, mieszane cechy typowe dla wielu innych taksonów. Na podstawie stosunkowo dobrze poznanych danych morfologicznych i embriologicznych stanowisko systematyczne tej grupy zwierząt było różnie oceniane. Szczecioszczękie były tradycyjnie zaliczane do wtóroustych (Deuterostomia), a więc uważane za stosunkowo bliskich krewnych strunowców. O przynależności do taksonu wtóroustych świadczy embriologia;