Po wybuchu I wojny światowej klasztor „Regina Coeli” został zaadaptowany na potrzeby szpitala polowego, a katarzynki zostały zatrudnione do opiekowania się chorymi. Klasztor był wypełniony po brzegi osobami rannymi i uchodźcami. Szczęśliwie samo Braniewo nie zostało doświadczone przez wojnę. Oddalenie od ważnych szlaków komunikacyjnych spowodowało, że miasto było jednym z nielicznych w Prusach Wschodnich, które ominęły działania wojenne. Po opuszczeniu klasztoru przez rannych stał się on znowu siedzibą nowicjatu, którego mistrzynią została siostra Paula Kraemer. Liczba katarzynek w Braniewie wzrastała, klasztor św. Katarzyny na ul. Klasztornej z trudem mieścił siostry, więc zadecydowano, iż dom formacyjny „Regina Coeli” przejmie część katarzynek. W 1924 powstała w klasztorze oddzielna wspólnota sióstr katarzynek z przełożoną Hubertą Matern. W 1925 przy klasztorze utworzono cmentarz klasztorny, na którym odtąd chowano zmarłe siostry. Na tym cmentarzu został również w 1938 roku pochowany wieloletni spowiednik, doradca i kierownik duchowy wielu sióstr, ks. Carl Skowroński. W 1932 ten tzw. „nowy” klasztor w Braniewie stał się siedzibą zarządu generalnego sióstr katarzynek. Później utworzono tu również archiwum generalne zgromadzenia.