Decyzję w sprawie wpisania na listę pomników przyrody jak i wykreślenia z niej podejmuje Rada miasta w porozumieniu z Regionalnym Dyrektorem Ochrony Środowiska w drodze uchwały. Celem ustanowienia pomników przyrody jest ochrona drzew o okazałych rozmiarach, przedstawiających wysokie walory przyrodnicze, kulturowe. W stosunku do pomników przyrody, które są oznakowane tabliczkami prowadzony jest monitoring ich stanu zdrowotnego i wykonywane są wszelkie zabiegi niezbędne do zachowania dobrego ich stanu. Jednocześnie obiektów tych dotyczą zakazy ich uszkadzania, przekształcania, umieszczania tablic reklamowych itp. Nadzór nad nimi sprawuje Prezydent Miasta Krakowa.
Lista pomników przyrody w Krakowie Wykaz wszystkich pomników przyrody na terenie Krakowa (stan na 2023 rok) (bez drzew wykreślonych z rejestru w latach poprzednich, obwody pni drzew podawane są w pierśnicy):