Tymczasem w przypadku MPI synchronizacja nie była wymogiem krytycznym.
Obecnie występują 2 najpopularniejsze wersje: wersja 1.2 (tj. MPI-1, gotowy w maju 1994), która kładzie nacisk na przekazywanie wiadomości oraz jest zaopatrzona w statyczne środowisko uruchomieniowe oraz MPI-2.1 (MPI-2, ukończona w 1998), która zawiera kilka dodatków jak równoległe I/O, dynamiczne zarządzanie procesami oraz zarządzanie operacjami pamięci, Specyfikacja MPI-2 zawiera ponad 500 funkcji dla ANSI C, ANSI Fortran (Fortran90) oraz ANSI C++.
Warto zauważyć, iż MPI-2 jest głównie nadzbiorem MPI-1, mimo iż część funkcji została wymieniona. Programy napisane w standardzie 1.2 są kompatybilne z MPI-2. Po wprowadzeniu, nowszy standard nie cieszył się dużą popularnością, ponieważ rok wcześniej opracowano MPICH, w którym zaimplementowano część poprawek wprowadzanych w MPI-2. MPICH i LAM MPI to najczęściej stosowane implementacje standardu MPI.
Powstało też kilka specyficznych odmian MPI przystosowywanych przez producentów superkomputerów specjalnie dla tych maszyn. Firma SGI udostępnia na swoje platformy pakiet MPT (ang.