Od 1611 zaangażował się jako prawnik w spór z jezuitami i w obronę praw Akademii Krakowskiej występując w jej obronie na Sejmie walnym w 1612. Wyjeżdżając z misją do papieża Pawła V ostatecznie król Zygmunt III Waza 23 stycznia 1616 zapewnił, że przywileje Akademii w całości zachować pragnie. Jakub Janidło w 1614 wybrany został rektorem Akademii, wybór ponowiono w 1615 i jeszcze w 1618; był także prowizorem Szkół Nowodworskich. Zmarł mając 49 lat. Na własne żądanie i za zgodą kapituły krakowskiej pochowany został w kaplicy Szafrańców na Wawelu, zwanej inaczej kaplicą prawników.
Przypisy
Bibliografia Janina Bieniarzówna "Jakub Janidło (1570-1619)" [w:] Polski Słownik Biograficzny tom X wyd. 1962-1964 s.512 Janina Bieniarzówna "Ksiądz Jakub Janidło - wybitny przedstawiciel profesury krakowskiej XVII stulecia" Franciszek Siarczyński "Jakub Janidło" [w:] Obraz wieku panowania Zygmunta III. Króla Polskiego i Szwedzkiego: zawieraiący opis osób żyiących pod jego panowaniem, znamienitych przez swe czyny pokoiu i woyny, cnoty lub występki dzieła piśmienne, zasługi użyteczne i cele sztuki, Tom 1 1828, str.