Po reorganizacji aparatu NKWD w lutym 1941 roku, gdy powołano Ludowy Komisariat Bezpieczeństwa Państwowego (ros. NKGB), Kornijenko został szefem 4 Oddziału w Drugim Zarządzie zajmującym się kontrwywiadem. Po zmianach strukturalnych z lipca 1941 roku został szefem 5 Oddziału II Zarządu NKWD zajmującego się kontrwywiadem. Następnie od marca sierpnia 1942 roku był szefem tzw. OBB (Oddziału do walki z bandytyzmem) NKWD, a do końca 1942 roku dowodził grupą operacyjną NKWD na Kaukazie. Od marca do maja 1943 roku szef Zarządu NKWD (UNKWD) i od maja 1944 do końca 1945 roku szef Kirowgradzkiego Zarządu NKWD. W listopadzie 1945 roku został ministrem bezpieczeństwa państwowego Mołdawskiej Autonomicznej Socjalistycznej Republiki Radzieckiej. Sprawował to stanowisko do lutego 1948 roku i następnie został przeniesiony do rezerwy Ministerstwa Bezpieczeństwa Państwowego ZSRR (MGB). Do pracy w organach państwowych powrócił we wrześniu 1953 roku, został mianowany zastępcą szefa transportu drogowego w Ministerstwie Spraw Wewnętrznych ZSRR (MWD), sprawował to stanowisko do maja 1954 roku.
Zmarł w 1971 roku w obwodzie kalinińskim (obecnie obwód twerski).
Odznaczenia Order Czerwonej Gwiazdy (dwukrotnie, m.in.