Zostały one przekazane tymczasowo do innych instytucji, jako część Pop-up Museum.
Zbiory i działalność naukowa Jeszcze przed 1960 w muzeum zgromadzono blisko ćwierć miliona eksponatów, 600 tys. fotografii oraz 60 filmów, co uczyniło je swego czasu jednym z bogatszych w zbiory muzeów w świecie państw kolonialnych. Eksponaty będące podwalinami dla zbiorów pozyskiwali żołnierze, misjonarze, zarządcy kolonii, kupcy i naukowcy. W 2016 samych eksponatów biologicznych było w muzeum około 10 milionów – około 6 mln egzemplarzy owadów, 1 mln ryb, 500 tys. motyli i ciem, 300 tys. pająków, 200 tys. płazów, 150 tys. związanych z ptakami, 120 tys. ze ssakami, 17 tys. z wężami oraz 67 tys. próbek drewna. Tego samego roku muzeum mogło poszczycić się blisko 200 tys. próbek, 40 tys. zdjęć z powietrza, 20 tys. map, 18 tys. okazów paleontologicznych oraz 17 tys. mineralogicznych. W 2014 roku rozpoczęto digitalizację zbiorów. Do 2016 zdigitalizowano 20 tys. okazów etnograficznych. Według danych z początku 2018 muzeum jest również w posiadaniu 8 tys. instrumentów muzycznych, 4 tys. dzieł sztuki oraz łącznie 2 km archiwów (w tym jest około 10 tys. listów i 88 pamiętników). Większość zbiorów znajduje się w magazynach. Niektóre z eksponatów pełnią ważną rolę zachowawczą, muzeum dysponuje między innymi starymi nagraniami rwandyjskiej muzyki.