Miejsce Matthijsa w Münsterze przejął Jan z Lejdy, który wprowadził jeszcze bardziej radykalne rozwiązania i ustanowił w mieście rządy teokratyczne. Rozwiązał radę miejską, natomiast w jej miejsce powołał wybranych przez siebie 12 „starszych Izraela”, a samego siebie ogłosił nowym królem Dawidem i używał insygniów królewskich. Zarządził surowe kary za grzechy, m.in. za bluźnierstwo, cudzołóstwo, a nawet plotkowanie groziła śmierć. W czerwcu 1534 wprowadził też w mieście (w którym przebywało znacznie więcej kobiet niż mężczyzn) poligamię – sam wziął 16 żon, a w jego ślady poszli inni przywódcy miasta. Wydawał wystawne uczty dla swego otoczenia, choć wskutek oblężenia warunki życia w mieście były złe. Mimo postępującego głodu zdołał utrzymać kontrolę nad miastem przez kolejnych 14 miesięcy.
Stłumienie komuny i jej konsekwencje Opór miasta został przełamany przez siły Franciszka z Waldeck, wspieranego przez okolicznych książąt, zarówno katolickich, jak i protestanckich, dopiero 24 lub 25 czerwca 1535. Jan z Lejdy wraz z innymi liderami komuny münsterskiej został schwytany i uwięziony (nie odnaleziono natomiast Rothmanna, który mógł zginąć lub uciec).