Po wybuchu II wojny światowej zaciągnął się do wojska. Służył w V Batalionie Sanitarnym Armii Kraków. Do Krakowa wrócił 26 września 1939 r. Podjął pracę inkasenta w Elektrowni Miejskiej. Zorganizował Służbę Sanitarną Ochrony Przeciwlotniczej Elektrowni, Gazowni i Wodociągów. Po wkroczeniu wojsk niemieckich do Krakowa przystąpił do ukrycia najcenniejszych zbiorów katedry anatomii. Po aresztowaniach przez Niemców wykładowców uniwersyteckich UJ w ramach akcji Sonderaktion Krakau władze okupacyjne zawiesiły działalność akademicką w Krakowie. 6 listopada 1942 r. w Krakowie bez zezwolenia władz okupacyjnych niemieckich rozpoczęto wykłady na tajnych kompletach Wydziału Lekarskiego UJ. Dr Jan Robel zaangażował Stanisława Kohmanna do prowadzenia wykładów w kompletach dla studentów medycyny, na których prowadził zajęcia i wykłady z anatomii. Od jesieni 1944 r. prowadził wykłady dla studentów z Uniwersytetu Ziem Zachodnich, który po upadku powstania warszawskiego został przeniesiony z Warszawy do Krakowa.