Muzeum sztuki mały|Francesco d’Oberto, Madonna z Dzieciątkiem między św. Dominikiem a św. Janem Ewangelistą, ok. 1368 Muzea zakładane w XVIII wieku przy Akademiach Sztuk Pięknych miały w swoich genezie zadania edukacyjne – ich zbiory miały być przykładowymi modelami dla młodych artystów, stanowiąc połączenie teorii a praktyką, zgodnie z założeniami edukacyjnymi epoki Oświecenia. Jednak w okresie późniejszym liczne akademickie zbiory sztuki oddzieliły się od swych organów założycielskich stając się niezależnymi instytucjami, prowadzącymi samodzielną działalność, takimi jak mediolańska Pinakoteka Brera czy wenecka Gallerie dell’Accademia. W odróżnieniu od nich Akademia Sztuk Pięknych w Genui, zachowała, niemal jako jedyna, przez ponad dwa i pół wieku, bez żadnych podziałów, swoje dwa różne segmenty: uczelnię i muzeum sztuki.
W zbiorach muzeum Akademii znajduje się ponad trzysta obrazów, prezentowanych częściowo w systemie rotacji, które stanowią miarodajną antologię malarstwa w Ligurii od XV do XX wieku. Reprezentowane są dzieła najbardziej znanych artystów, działających w Genui, takich jak: Perino del Vaga (Poliptyk św.