10 lipca 1966 roku został na własną prośbę przeniesiony do rezerwy, następnie pracował w Muzeum Historii Polskiego Ruchu Rewolucyjnego oraz jako kierownik archiwum Żydowskiego Instytutu Historycznego. Ukończył studia magisterskie na Uniwersytecie Warszawskim.
W następstwie wydarzeń marcowych został zwolniony z pracy i wyjechał do Izraela, gdzie podjął pracę w archiwum Jad Waszem. Uzyskał doktorat na Uniwersytecie Hebrajskim w Jerozolimie. Był wykładowcą na Uniwersytecie Telawiwskim. W latach 1978–1993 był kierownikiem archiwum Jad Waszem, po zakończeniu pełnienia funkcji pracował w Jad Waszem jako konsultant archiwum i historyk. Był także członkiem Komisji ds. Sprawiedliwych wśród Narodów Świata.
Był laureatem .
Wybrane publikacje Emanuel Ringelblum, Polish-Jewish relations during the Second World War, ed. and with footnotes by Joseph Kermish, Shmuel Krakowski, Jerusalem: Yad Vashem 1974. The war of the Doomed: Jewish armed resistance in Poland, 1942-1944, forew. by Yehuda Bauer, transl. from the Hebr. by Orah Blaustein, New York – London: Holmes & Meier Publishers 1984. (współautor: Yisrael Gutman), Unequal victims: Poles and Jews during World War Two, transl. by Ted Gorelick and Witold Jedlicki, New York: Holocaust Library 1986. Mówią świadkowie Chełmna, wyboru dokonał Shmuel (Stefan) Krakowski, red.