Oba okręty ponownie wypłynęły w poszukiwaniu Przejścia Północno-Zachodniego. I ponownie misja okazała się nieudana – po próbie przebycia Cieśniny Beringa, okręty zawróciły i skierowały się do Pietropawłowska Kamczackiego. W drodze do tego portu, 22 sierpnia 1779 roku, na pokładzie „Resolution” zmarł na gruźlicę (której nabawił się w więzieniu, odsiadując przed wyprawą wyrok za długi brata) dowodzący wyprawą Clerke. Tym samym ponownie nastąpiły zmiany w łańcuchu dowodzenia. Nowym dowódcą wyprawy został dotychczasowy dowódca „Discovery”, John Gore. A od 23 sierpnia dowódcą „Discovery” został James King. Z powodu nieudanych prób znalezienia przejścia oraz śmierci poprzednich dowódców wyprawy, Cooka i Clerke’a, postanowiono wracać do Anglii. Podczas powrotu, tuż przed końcem wyprawy, sztorm zepchnął okręty z kursu do Anglii tak daleko na północ, że dopłynęły we wrześniu 1780 roku do Stromness na Orkadach. Tam James King zdał dowództwo HMS „Discovery” i wyruszył w podróż do Londynu, zawożąc dokumenty dotyczące wyprawy oraz mapy zbadanych obszarów do Admiralicji.