Następnie musiał opuścić Super League Malezji z powodu wyrejestrowania Brunei Amateur Football Association.
Po odejściu z Malaysia Super League, następnie klub dołączył do singapurskiej S-League w sezonie 2009, stając się pierwszą drużyną w lidze, która rozgrywała swoje mecze domowe poza Singapurem. Jednak 30 września 2009 roku FIFA zawiesiła Football Association of Brunei Darussalam za ingerencję rządu w jej sprawy. Oznaczało to, że zespoły z Brunei nie mogły już startować w turniejach prowadzonych przez inne krajowe stowarzyszenia członkowskie. Związek Piłki Nożnej w Singapurze zwrócił się do FIFA, aby umożliwić DPMM FC zakończenie sezonu w S-League, ale odwołanie zostało odrzucone. Wyniki wszystkich meczów ligowych DPMM w sezonie 2009 zostały zatem anulowane.
Po 20 miesiącach zawieszenia, FIFA podjęła decyzję o zniesieniu zawieszenia dla Brunei. Oznaczało to, że zarówno drużyna narodowa, jak i drużyny piłkarskie z Brunei mogły brać udział w dowolnych zawodach piłkarskich w ramach FIFA. DPMM ponownie dołączył do S-League w 2012 roku i stał się drugą drużyną w końcowej klasyfikacji.