Magdalena Kalicińska jest specjalistą w zakresie konserwacji malarstwa ściennego i sztalugowego na drewnie i płótnie (obrazy F. la Roya, M. Kellera, F.K. Langa, S. Gierasimowa, A. Gierymskiego, T. Aksentowicza, J. Stanisławskiego, A. Karpińskiego, W. Tetmajera, W. i J. Kossaków, V. Hoffmana, K. Mikulskiego, z kręgu Teniersa), rzeźby drewnianej oraz zabytkowej snycerki. Brała udział w pracach wielu zespołów konserwatorskich. Zrealizowała ponad 100 prac konserwatorskich, m.in. prace badawczo-poszukiwawcze gotyckich malowideł ściennych w prezbiterium kościoła parafialnego w Prandocinie (1974), inwentaryzacja i konserwacja włoskich fresków z XIV w. w kaplicy królewskiej w kościele parafialnym w Niepołomicach (1976–1986), konserwacja obrazu Jana Styki stanowiącego szkic do „Panoramy Racławickiej” (1977), konserwacja wczesnobarokowego ołtarza głównego z XVII w. w kościele parafialnym we Włoszczowie (1991–1992). Opracowała program i realizację kompleksowej konserwacji gotyckiego kościoła farnego św. Andrzeja Apostoła w Olkuszu zwieńczone wielotomową dokumentacją konserwatorską (1992–1997). Prowadziła prace badawcze i konserwatorskie przy wystroju rzeźbiarskim i malowideł ściennych wnętrza kolegiaty św.