Dowództwo morskie używało poprzednio od 1992 roku okrętów patrolowych wschodnioniemieckiego typu Kondor-I: P29, P30 i P31, do czasu wycofania ich ze służby w roku 2004.
Komenda operacji przybrzeżnych Dowództwo przybrzeżne dysponuje czterema okrętami patrolowymi typu Austal, jak również poszukiwawczo-ratunkowymi łodziami motorowymi „Melita I” i „Melita II”. W jego skład wchodzi też Pluton Szybkiego Reagowania, operujący przy użyciu dowolnego statku dowództwa przybrzeżnego, szybkiej łodzi przechwytującej P01 lub też samolotu ze Skrzydła Lotniczego.
Komenda G thumb|Okręt patrolowy „P32” w porcie Mġarr na Gozo. Komenda G jest odpowiedzialna za działalność wojskową na wyspie Gozo. Oddział lądowy składa się z plutonu, który zapewnia pomoc policji maltańskiej oraz różnym departamentom rządowym, jak też zabezpiecza terytorialną integralność Gozo. Oddział morski składał się z trzech załóg operujących na okręcie patrolowym typu Bremse P32. W roku 2012 P32 został wycofany ze służby, aktualnie Komenda G ma do dyspozycji łódź poszukiwawczo-ratowniczą typu Melita oraz przybrzeżny okręt patrolowy typu Defender.
Komenda wsparcia Dowództwo wsparcia jest odpowiedzialne za utrzymanie jednostek pływających i sprzętu morskiego.