Chociaż oba obrazy zostały zniszczone w 1777 podczas bitwy pod Princeton, a kolejne eksponaty przepadły w katastrofalnym pożarze z 1802, to te początkowe działania na rzecz gromadzenia dzieł sztuki stały się inspiracją dla podobnych inicjatyw w następnym stuleciu. W 1868 do Princeton przyjechał szkocki wykładowca James McCosh, któremu powierzono zadanie modernizacji uczelni. Wprowadził on do programu nauczania wykłady z historii sztuki, zlecając w 1882 Williamowi Cowperowi Prime’owi i generałowi George’owi McClellanowi przygotowanie stosownego programu dydaktycznego. Prime, nowojorski dziennikarz i członek założyciel rady powierniczej Metropolitan Museum of Art, wypracował wspólnie z McClellanem program nauczania w oparciu o muzealne dzieła sztuki.
Początek muzeum mały|left|Pierwszy budynek muzeum (fotografia z 1894) Muzeum formalnie powstało w 1882. Od samego początku miało służyć podwójnemu celowi: wystawianiu oryginalnych dzieł sztuki oraz nauczaniu historii sztuki w oparciu o kolekcję sztuki światowej. Wykładowcą w nowo utworzonym dziale sztuki i archeologii został Allan Marquand, dotychczasowy wykładowca łaciny i logiki. Wybrano go z uwagi na fakt, iż jego ojciec, Henry Gurdon Marquand, był kolekcjonerem sztuki i jednym z założycieli Metropolitan Museum of Art.