W 1963 roku odwiedził niespodziewanie, bez pozwolenia południowokoreańskich władz, Koreę Północną, co spowodowało dla niego poważne konsekwencje osobiste. W 1967 roku został wraz z żoną uprowadzony z Berlina przez południowokoreański wywiad, postawiony przed sądem w Seulu pod zarzutem szpiegostwa i skazany na dożywotnie więzienie. Po dwóch latach, wskutek międzynarodowych nacisków, został zwolniony i powrócił do Niemiec. Od 1969 do 1970 roku uczył w Hanowerze, następnie w latach 1970–1985 był wykładowcą berlińskiej Hochschule für Musik. W 1971 roku otrzymał niemieckie obywatelstwo. Kilkukrotnie odwiedzał Koreę Północną, gdzie był hołubiony przez tamtejsze władze. Ufundował instytut muzyczny w Pjongjangu, nazwany jego imieniem, zaś w 1992 roku nakręcono film poświęcony jego porwaniu i uwięzieniu pt. Yun sangmin. Nie powrócił nigdy do Korei Południowej i pozostawał krytyczny wobec jej władz, a jego twórczość do lat 90. była objęta w tym kraju cenzurą. Zmarł w Berlinie na skutek komplikacji związanych z zapaleniem płuc. Współcześnie muzyka Yuna jest ceniona i wykonywana regularnie w obydwu państwach koreańskich, odbywają się liczne koncerty poświęcone jego pamięci.
Doctor honoris causa Uniwersytetu w Tybindze (1985).