W tym czasie był też doradcą w kwestiach wydawniczych w drukarniach jezuickich i opiniował użyteczność rękopisów planowanych do druku. Jan Łoyko wyróżniał się znajomością języków obcych, dobrze władając językiem łacińskim, francuskim i włoskim, nieco gorzej zaś hiszpańskim i portugalskim.
Gdy zakon jezuitów został rozwiązany, Feliks Łoyko zabiegał u króla Stanisława Augusta Poniatowskiego o pomoc w znalezieniu urzędu dla brata. 21 lutego 1777 r. Jan otrzymał powołanie od Komisji Edukacji Narodowej na stanowisko członka Towarzystwa do Ksiąg Elementarnych, zamiast nadal nieobecnego Grzegorza Kniażewicza. Został powołany do zespołu zajmującego się przygotowaniem elementarza dla szkół wiejskich. Wspólnie z Janem Chrzcicielem Albertrandim i Hugo Kołłątajem przedłożył na posiedzeniach Towarzystwa w dniach 25 marca i 22 kwietnia koncepcję elementarza, która została zaakceptowana. Łoyko otrzymał zlecenie opracowania pierwszej części książki, wywiązując się z niego 28 listopada. Według jego planu miała ona zawierać wskazówki do czytania, tablice miar i wag i katechizm. Rozwiązania Łoyko posłużył Towarzystwu w dalszych pracach nad elementarzem. W międzyczasie recenzował „Fizykę” Michała Hube. W grudniu tego samego roku zaniechał obecności w spotkaniach Towarzystwa wskutek postępującej choroby, natomiast 9 stycznia 1778 r.