Płaskorzeźba Matki Bożej Patronki z Płaszczem Powstała ok. 1410 r. i jest jednym z największych arcydzieł tamtych czasów. Wizerunek Maryi znajduje się w głównym, barokowym ołtarzu. Pod jej płaszczem przedstawiono 82 postacie, reprezentujące interesujący zbiór typów ludzkich z tamtej epoki. Wśród nich znajdziemy postać Bernarda III, fundatora Ptujskiej Gory, jego żony, dwóch braci minorytów, wielu przedstawicieli szlachty, hierarchii kościelnej oraz innych osób.
Ołtarz cylejski Ołtarz Fryderyka II hrabiego Celje typu baldachimowego znajduje się w południowej apsydzie. Początkowo stał prawdopodobnie nad głównym ołtarzem i zajmował centralne miejsce w kościele. Po ostatnim remoncie prezbiterium, to wybitne dzieło rzeźbiarskie z pracowni Petra Parlera, ponownie trafiło na właściwe miejsce w kościele.
Ołtarz różańcowy Ołtarz ten stoi z lewej strony przy drugiej kolumnie pokrytej pękiem służek. U góry, w środkowej części trójdzielnego, kamiennego ołtarza znajduje się postać siedzącej Matki Bożej wraz z Dzieciątkiem. Prawa ręka, w której trzymała berło, została odcięta. W węższych niszach bocznych znajdują się posągi św. Katarzyny i św. Andrzeja. Dzieło to, z początku XV wieku, przypisuje się następcom Petra Parlera.