We wrześniu 1649 roku biskup krakowski Olbracht Lipnicki dokonał ponownej konsekracji świątyni. W 1656 roku, podczas potopu szwedzkiego, Szwedzi spalili i obrabowali kościół. Rok później budynek spłonął ponownie. W 1668 roku biskup Mikołaj Oborski konsekrował odnowione ołtarze. Pożary trawiły wyposażenie kościoła w latach 1710, 1719 i 1764. W 1765 roku kościół odnowił proboszcz ks. Józef Kazimierz Sawicki, herbu Nowina. Z jego inicjatywy ogrodzono przykościelny cmentarz, zmieniono dach, odnowiono mury kościelne, ozdobiono portalem bramę kościelną i wejście do zakrystii, rozbudowano organy. W 1766 roku kościół rekonsekrował biskup Franciszek Potkański. Kolejny proboszcz ks. Szymon Zamojski, pod koniec XVIII wieku wybudował nową plebanię i budynki gospodarcze. Do kościoła dobudowano niską kruchtę, która po­wstała na fundamentach starej, spalonej w 1784. mały|lewo|Kościół ok. 1913 na grafice Władysława SkoczylasaW 1897 roku z inicjatywy proboszcza ks. Michała Wawrzynowskiego odnowiono wszystkie ołtarze. W 1892 roku Władysław Rossowski namalował obraz św. Katarzyny znajdujący się w ołtarzu głównym. Jest on kopią wcześniejszego obrazu, wykonanego przez Leksickiego, który był tak zniszczony, że nie można go było uratować. Odmalowano całą świątynię, położono nową posadzkę i zrekonstruowano organy.