W 1863 został dyrektorem nowego seminarium fińskiego w Jyväskylä, które to stanowisko piastował aż do śmierci.
Koncepcje Skoncentrował swój program nauczania na pracach ręcznych, czerpiąc z pomysłu Fröebla na wprowadzenie do zajęć szkolnych takich czynności, jak tkanie, robótki ręczne, układanie form z papieru, praca z piaskiem, gliną, czy zabawy kolorem w przedszkolu. Rozszerzył jednak koncepcję froebelowską o prace rolnicze, ogrodnictwo, prace w metalu i drewnie oraz zbiorowe wyplatanie koszyków nazywane veisto lub sloyd (z języka szwedzkiego slöjd – prace ręczne). W wyniku starań Cygnaeusa autonomiczne władze fińskie w 1866 wprowadziły obowiązkowy system sloydów dla chłopców we wszystkich szkołach wiejskich i dla nauczycieli płci męskiej w instytucjach szkoleniowych. W 1872 rząd rozszerzył ten system na szkoły miejskie i utworzył w Naäs szkołę Sloyd, dla szkolenia kadr nauczycielskich. Druga szkoła, nazywana Sloyd Seminarium, została założona w 1875.