W dniu 13 grudnia 1892 roku proboszcz z Kęt ksiądz Maciej Warmuz poświęcił nowo wybudowany kościół i odprawił w nim pierwszą mszę świętą, natomiast w dniu 10 września 1893 roku ksiądz kardynał Albin Dunajewski dokonał konsekrował go i nadał mu wezwanie Trójcy Przenajświętszej.
Mimo kilkuletnich starań, kapucynkom nie udało się uzyskać zatwierdzenia swego zgromadzenia w Galicji przez ówczesne władze. Kiedy w 1907 roku pojawiła się groźba kasaty zakonu, siostry zdecydowały się na połączenie z zakonem Franciszkanek Najświętszego Sakramentu ze Lwowa, zwanym obecnie siostrami Klaryskami od Wieczystej Adoracji. W dniu 15 czerwca 1909 roku Stolica Apostolska wyraziła zgodę na połączenie. W dniu 10 stycznia 1910 roku w Kętach podpisany został akt unii, w wyniku którego kapucynki z Kęt zostały inkorporowane do zgromadzenia Franciszkanek Najświętszego Sakramentu.
Świątynia klasztorna została przebudowana tak, aby dostosować wnętrze do charyzmatu wieczystej adoracji Najświętszego Sakramentu. Została wyburzona ściana za ołtarzem i w części środkowej został ustawiony Tron Eucharystyczny.