SMS„SMS” oznacza „Seiner Majestät Schiff”, czyli po niemiecku „Okręt Jego Wysokości”. „Prinz Eugen” miał 70,78 m długości między pionami, 10 m szerokości i 6,32 m średniego zanurzenia. Wypierał 3588 ton, zaś załoga liczyła 386 oficerów i marynarzy. Jego napęd składał się z jednego silnika parowego pojedynczego rozprężania, który napędzał pojedynczą śrubę. Informacje o liczbie i rodzaju jego opalanych węglem kotłów parowych nie przetrwały. Silnik miał moc 1900 KM, co zapewniało prędkość maksymalną 11 węzłów. Zasięg maksymalny okrętu wynosił 1200 Mm przy prędkości 10 węzłów.
„Prinz Eugen” był pancernikiem bateryjnym, uzbrojonym w 16 ładowanych odprzodowo armat 48-funtowych i 15 ładowanych odprzodowo armat 24-funtowych kal. 150 mm. Dodatkowo w skład wyposażenia jednostki wchodziło po jednym dziale 12-funtowym i 6-funtowym. W 1867 roku uzbrojenie zostało wymienione na 12 odprzodowych armat Armstrong kal. 178 mm i dwie armaty 4-funtowe kal. 76 mm. Burty chronione były przez pas kutego żelaza o grubości 110 mm, rozciągający się od dziobu do rufy.