Lata okupacji niemieckiej spędził w Warszawie, działając w ruchu oporu. Uczestniczył w powstaniu warszawskim pod ps. „dr Puławski”, a po kapitulacji utworzył Polnisches Rotes Kreuz Transportgruppe w celu ewakuowania z Warszawy młodzieży walczącej w AK, rannych i chorych.
Po zakończeniu wojny został dyrektorem Departamentu Muzyki w Ministerstwie Kultury i Sztuki oraz przewodniczącym Głównej Komisji Weryfikacyjnej dla Muzyków. W latach 1945–1951 i 1954–1971 był profesorem Państwowej Wyższej Szkoły Muzycznej w Warszawie, od 1964 również kierownikiem Katedry Kompozycji. Od 1951 do 1954 był profesorem i dziekanem Wydziału Instrumentalnego oraz Teorii Muzyki i Kompozycji Państwowej Wyższej Szkoły Muzycznej we Wrocławiu. Jego uczniami byli m.in. Tadeusz Baird, Piotr Moss, Tadeusz Natanson, Zbigniew Rudziński, Jerzy Maksymiuk, a uczennicą Jadwiga Szajna-Lewandowska, jak i żona kompozytora, Ewa z domu Moser (córka Wandy Moser, siostry Juliana Marchlewskiego), późniejszego dra biologii, genetyka i archeologa, znawczyni religii prasłowiańskich, którą poznał w kierowanym przez siebie Konserwatorium w ToruniuT. Kobierzycki. „Osobowość twórcza Piotra Perkowskiego (Czyli co stało się 8 kwietnia 1924 roku w Konserwatorium w Warszawie?)” w: Piotr Perkowski.