Flamengo W 2016 roku Vinícius awansował do drużyny młodzieżowej. Zdobył dziesięć bramek, był najlepszym asystentem rozgrywek i był częścią ataku, który strzelił ponad 52 gole i pomógł Flamengo wygrać Campeonato Carioca U-17.
Reputacja Viníciusa naprawdę wzrosła w 2017 roku, kiedy dołączył do drużyny młodzieżowej. Vinícius po raz pierwszy wziął udział w Młodzieżowym Pucharze Piłki Nożnej w São Paulo i pomimo tego, że był trzy lata poniżej ustawowego wieku, był jednym z najważniejszych wydarzeń turnieju. W meczu otwarcia Rubro-Negro w zawodach Vinícius wszedł jako zmiennik i strzelił dwa gole w wygranym 5:0 meczu z Central. Wystąpił także w meczu Flamengo przeciwko Nacional de São Paulo w wygranym 6:0 meczu, w którym przyczynił się do dwóch asyst i spowodował dwie żółte kartki dla drużyny przeciwnej. Vini był także bohaterem kwalifikacji Flamengo do ćwierćfinału Copinha, zdobywając późnego zwycięzcę w zwycięstwie 2-1 nad Cruzeiro.
Znakomite występy Viníciusa Júniora w młodzieżowej drużynie Flamengo i reprezentacji Brazylii wzbudziły duże zainteresowanie jego piłką nożną ze strony europejskich klubów.