Po zakończeniu działań wojennych w kwietniu 1945 roku siostry wznowiły funkcjonowanie gimnazjum, do którego uczęszczali również chłopcy (na prośbę kardynała Augusta Hlonda), choć w internacie mieszkały tylko dziewczynki. W kolejnym roku otwarto 2-letnią Szkołę Rolniczą (która istniała do 1950 roku), aby objąć nauczaniem jak najwięcej młodzieży. Podyktowane to było faktem, że podczas wojny w Wielkopolsce nie było rozwiniętego systemu tajnego nauczania. W kolejnych latach szkoła przeobrażała się zgodnie z reformą szkolnictwa polskiego: 11-latka, potem 4-letnie liceum, 3-letnie gimnazjum i 3-letnie liceum. Dyrekcja co roku musiała ubiegać się o przyznanie praw państwowych, ale mimo trudności przetrwała czasy socjalistyczne i komunistyczne jako jedna z dziewięciu prywatnych polskich szkół żeńskich prowadzonych przez zgromadzenia zakonne w Polsce i jedyna w Wielkopolsce. Równolegle w latach 1957–1963 zakonnice prowadziły także szkołę Gospodarstwa Domowego.
Okres stalinizmu był dla szkoły najtrudniejszy, ale ówczesna dyrektorka Matka Gertruda Żurawska (1945–1967) walczyła o utrzymanie szkoły, prawa państwowe, nabór do szkoły oraz katolickie wychowanie uczennic, choć program szkolny był ściśle nadzorowany przez władze oświatowe. Siostry zapraszały do szkoły na wykłady wybitnych prelegentów (np.