W 1817 roku wszystkie polichromie zostały pokryte tynkiem, dopiero w latach 60. XIX wieku odkryto je i poddano prymitywnej konserwacji, polegającej m.in. na domalowaniu brakujących i słabo zachowanych elementów. W 1945 roku kościół został przekazany katolikom, a w 1964 roku odkryto pod tynkiem, na strychu budowli, najstarsze fragmenty polichromii.
Zabytki we wnętrzu alt=Małujowice kościół|mały|lewo|240px|Belka tęczowa w kościele w Małujowicach wraz ze sceną ukrzyżowania oraz malowidła ścienne. Kościół ma jeden z najbogatszych w Polsce cykli gotyckich malowideł ściennych. Wszystkie ściany wewnętrzne kościoła, tj. nawa, prezbiterium i ściana tęczy opatrzone są malowidłami. Tworzą one największy w Polsce, bo liczący blisko tysiąc metrów kwadratowych zespół malowideł z czasów późnego średniowiecza. Są wśród nich unikatowe i rzadkie w symbolice sakralnej przedstawienia maryjne (w prezbiterium), wyjątkowa scena ukrzyżowania Chrystusa przez cnoty (zinwentaryzowano jedynie 12 podobnych przedstawień w świecie!), największy w Polsce średniowieczny cykl ilustracji biblijnych (razem 96 obrazów) tworzący zespół tzw.