Monitoring Pospolitych Ptaków Lęgowych (MPPL) – koordynowany przez Ogólnopolskie Towarzystwo Ochrony Ptaków. Obejmuje 110 najbardziej powszechnych gatunków ptaków w Polsce. W ramach niniejszego programu oceniana jest liczebność gatunków oraz wskaźnik rozpowszechnienia gatunku. Monitoring Flagowych Gatunków Ptaków (MFGP) – koordynowany przez Stację Ornitologiczną MIZ PAN. Obejmuje monitoring 12 gatunków ptaków, tj.: łabędź niemy Cygnus olor perkoz rdzawoszyi Podiceps grisegena zausznik Podiceps nigricollis bąk Botaurus stellaris czapla siwa Ardea cinerea bocian biały Ciconia ciconia błotniak stawowy Circus aeruginosus żuraw Grus grus śmieszka Larus ridibundus rybitwa rzeczna Sterna hirundo rybitwa czarna Chlidonias niger gawron Corvus frugilegus W ramach programu prowadzona jest ocena wskaźnika liczebności gatunku rozpowszechnienia gatunku oraz w przypadku Bociana białego i Łabędzia niemego efektów rozrodu.
Monitoring Ptaków Mokradeł (MPM) – koordynowany przez Stację Ornitologiczną MIZ PAN. Program obejmuje monitoringiem wszystkie notowane gatunki ptaków występujące w Polsce. W ramach monitoringu prowadzona jest ocena wskaźnika liczebności gatunku oraz rozpowszechnienia gatunku.