Kościół został radykalnie zmodyfikowany w roku 1738, kiedy jego fasada została przebudowana w stylu barokowym do projektu lokalnego capomastro Giovanniego Bonavii. Kościół poświęcił biskup Vincenzo Labini 31 października 1784 lub 1788. Budowla została okrzyknięta jako jeden z najlepszych przykładów maltańskiej architektury barokowej.
W czasie blokady Francuzów w latach 1798–1800 Żabbar był w rękach powstańców maltańskich, i był wielokrotnie ostrzeliwany przez siły francuskie z pobliskich Cottonera Lines. Podczas jednego z ostrzałów, w listopadzie 1799, kula armatnia trafiła w kopułę kościoła; zginęła wtedy kobieta przygnieciona spadającym gruzem. W międzyczasie maltańscy powstańcy zbudowali w pobliżu kościoła baterię artyleryjską, mającą na celu ostrzeliwanie francuskich pozycji. Po zakończeniu blokady kopuła kościoła, z powodu uszkodzenia, została kompletnie przebudowana, zaś prawa dzwonnica, która również poniosła szkody, została naprawiona w roku 1801.
thumb|left|160px|Bogato zdobione sklepienie beczkowe kościoła