Autorzy Illustrated Checklist of the Mammals of the World uznają ten gatunek za monotypowy.
Etymologia Hydromys: hudro- „wodny-”, od ὑδωρ hudōr, ὑδατος hudatos „woda”; μυς mus, μυος muos „mysz”. ziegleri: dr Alan Conrad Ziegler (1930–2003), amerykański zoolog, ekolog, konserwator przyrody zamieszkały na Hawajach w latach 1967–2003.
Zasięg występowania Bobroszczur papuaski znany jest tylko z miejsca typowego u podnóża gór Prince Alexander w zachodniej części Nowej Gwinei.
Morfologia Znane okazy wskazują, że jest to najmniejszy gatunek bobroszczura. Długość ciała (bez ogona) 132 mm, długość ogona 118 mm, długość ucha 13 mm, długość tylnej stopy 27 mm; brak szczegółowych danych dotyczących masy ciała. Grzbiet jest ciemnobrązowy, spód ciała okrywają włosy szare u nasady i płowo-pomarańczowe na końcach. Dolna część policzków i podgardle ma białawy kolor, zaś okolica pachwinowa i nasada ogona są ciemnobrązowe. Futro jest krótsze i mniej gęste niż u bobroszczura zachodniego, u którego także umaszczenie spodu ciała jest ciemniejsze i bardziej jednolite. Tylne stopy bobroszczura papuaskiego są długie i mają spięte błoną trzy środkowe palce. Ogon jest czarny, nie ma białej końcówki jak u pokrewnych gatunków i jest rzadko pokryty włosami, co wyraźnie odróżnia go od bobroszczura zachodniego.